Der Lehrstuhl wurde mit der Eröffnung der Fakultät 1967 von Wolfhart Pannenberg (1928-2014) begründet und bis zu seiner Emeritierung 1994 geleitet. Werke wie "Wissenschaftstheorie und Theologie", "Anthropologie in theologischer Perspektive" sowie vor allem die dreibändige "Systematische Theologie" sind an der LMU entstanden. Sie zählen zu Klassikern der neueren Theologiegeschichte des deutschsprachigen Protestantismus. Von 1995 bis 2015 wirkte Gunther Wenz als Direktor des Instituts für Fundamentaltheologie und Ökumene auf dem Lehrstuhl und baute ihn weiter zu einem der wichtigsten ökumenischen Forschungsstandorte aus. Seit 2015 leitet Gunther Wenz die Wolfhart-Pannenberg-Forschungsstelle an der Hochschule für Philosophie.
Seit Oktober 2015 forscht und lehrt Jörg Lauster auf dem Lehrstuhl für Dogmatik, Religionsphilosophie und Ökumene.
Am Zentrum für ökumenische Forschung arbeiten alle drei großen christlichen Konfessionen zusammen. Dies ist eine Besonderheit in der westeuropäischen Hochschullandschaft und eröffnet exzellente Möglichkeiten der ökumenischen Zusammenarbeit.